Зарождение школьного образования в нашем селе относится ко второй половине XIX века. Первая школа была трёхлеткой и, именовалась она церковно – приходской. Находилась она в ветхом здании на месте нынешнего МДОУ «Солнышко». Преподавали в школе священник и демобилизованный офицер.
В 1894 году было построено новое кирпичное здание, в котором занимались начальные классы и часть 5-8 классов. После революции 1917 года школа стала именоваться Шептуховской единой трудовой школой первой ступени. Заведующим школы был Перьков М.А., который проработал заведующим до 1928 года.
В 1931 году в хуторах : Сватиково , Полтавский, Яновский были организованы начальные школы.
В селе Шептуховка две школы: верхняя(начальная) находилась в здании, где в настоящее время находится здание Администрации Шептуховского сельского поселения и нижняя (основная), ее называли школа рабочей молодежи- ШКМ, сейчас там находится правление ООО АГРО - ИНВЕСТ «Русь». Первый выпуск состоялся в 1934 году. Было выпущено 23 человека, которые первыми получили семилетнее образование.
В 1935 году школы соединили и преобразовали в Шептуховскую восьмилетнюю школу. В 1969 году в школе было 276 учеников. К 1971 году школы в хуторах были закрыты.
В 1975 году в селе была построена новая средняя школа.
Гордостью школы являются золотые и серебряные медалисты. С 1975 года по 2014 год в школу закончили 15 выпускников с золотой медалью и 20 с серебряной.
С 1975 года Шептуховскую среднюю школу возглавляли:
Сущенко Николай Васильевич- 1974-1977г.г.
Лядев Владимир Алексеевич- 1978-1979гг.
Кочетов Игорь Васильевич- 1979-1981гг.
Мишура Александр Николаевич- 1981-1997гг
Русова Вера Ивановна- 1997-2019 гг.
В настоящее время исполняет обязанности директора школы Протас Светлана Ивановна